Начало исследований по селекции кукурузы относится к 1937 году. До этого на Кубанской опытной станции проводилась селекционно-семеноводческая работа по улучшению сорта Лиминг, ввезенного на Кубань до Социалистической революции 1917 года.

Начиная с 1940 года, селекционные исследования по кукурузе в институте возглавил академик ВАСХНИЛ М. И. Хаджинов. Основным методом исследований стал метод гибридизации самоопыленных линий с целью использования первого поколения гетерозисных гибридов.

Академик М. И. Хаджинов руководил отделом с 1940 по 1980 годы. За этот период под его руководством было создано более 30 районированных гибридов и гибридных популяций, среди них известная популяция Краснодарская 1/49, получившая широкое распространение и признание в производстве и быстро вытеснившая в Краснодарском крае старые сорта.

Академик М.И. Хаджинов был инициатором и координатором в нашей стране многих новых направлений в селекции и генетике кукурузы: это селекция и семеноводство сортолинейных, затем межлинейных гибридов кукурузы, использование ЦМС, создание высоколизиновых гибридов, работы по полиплоидии и отдаленной гибридизации кукурузы с теосинте и трипсакум, гаплоидии, индуцированного мутагенеза. Им была создана лаборатория раннеспелой кукурузы.

В семидесятые годы образовался творческий коллектив — специфическая школа по гибридной кукурузе с лабораториями генетики, селекции и семеноводства. Весомый вклад в развитие теоретических и практических основ селекции и семеноводства кукурузы внесли ученые отдела к. б. н. В. С. Щербак, к. с.х. н. Э. И. Вахрушева, к. б. н. М. В. Чумак, к. с.-х. н. Казанков, к. с.-х. н. К. И. Зима и др. С 1980 года в институте под руководством к. б. н. М. В. Чумака начаты работы по созданию раннеспелых и среднеранних гибридов кукурузы для различных зон РФ.

В последние десятилетия селекционерами созданы новые среднеранние, среднеспелые, среднепоздние и позднеспелые гибриды кукурузы.

В настоящее время главной задачей отдела, возглавляемого доктором с.-х. н. А.И. Супруновым, является создание высоко- продуктивных, устойчивых к болезням и вредителям гибридов кукурузы от раннеспелых (ФАО 100) до позднеспелых (ФАО 600), для всех почвенно-климатических зон страны. Богатый селекционный материал, созданный в отделе, научные разработки по селекции и семеноводству гибридов кукурузы позволили получить гибриды кукурузы с высоким потенциалом урожайности. За период с 1940 по 2018 годы коллективом отдела создано и передано в Государственное испытание более 152 гибридов, из них 95 гибридов были внесены в разные годы в Госреестр селекционных достижений России.

Учитывая потребности рынка, селекционеры отдела ведут работы по селекции гибридов с улучшенным качеством зерна: высоколизиновые, высокомасличные; гибриды пищевого назначения: лопающиеся и сахарные.

Гибридами кукурузы селекции Центра ежегодно засевается на зерно и силос на площади от 800 тыс. до 1,0 млн га.

Сотрудниками отдела разработан и осуществлен перевод семеноводства кукурузы на цитоплазматическую мужскую стерильность, широко проводится рекуррентное улучшение исходного материала, осуществлена классификация самоопыленных линий по отношению их к трем генетически различающимся зародышевым плазмам кукурузы.

Под руководством О.А. Шацкой в селекционной программе отдела успешно используется гаплоидный метод ускоренного получения гомозиготных линий, созданы и запатентованы пять высокоэффективных гаплоиндукторов кукурузы с частотой индукции 10–15 %, пользующихся спросом в зарубежных селекционных фирмах.

Группа сортовой агротехники под руководством д. с.-х. н. Т.Р. Толорая изучает вопросы эффективного применения удобрений, гербицидов, регуляторов роста с целью повышения продуктивности семенной и фуражной кукурузы.

Лаборатория первичного семеноводства под руководством к.с.-х. н. М.Ф. Жукова ведет авторский надзор за производством более 40 наименований самоопыленных линий и родительских форм гибридов кукурузы селекции Центра. Ежегодно производится 150–200 тонн высококачественных семян оригинальных линий и простых гибридов (родительских форм), которыми снабжаются хозяйства Краснодарского края и другие регионы России.